今年是清华大学建校100周年的大庆。在百年大庆的时候，是否应该问一问，什么是清华大学的灵魂？
北京《中国周刊》主编朱学东认为，独立自由的探索精神应该是一所不朽大学的灵魂，它不应因社会变迁和政权更替而改变。笔者赞同这个观点并认为，马寅初，梁思成和黄万里是清华大学院独立自由探索精神的代表。
另一种观点认为：“爱国奉献、追求卓越”是清华大学的灵魂，更有人把它简化为“精忠报党”。百年大庆，官方推出了水利系的张光斗作为当今清华大学的代表，其生日也成为百年校庆的最主要内容。校庆期间，清华校友追思黄万里的集会，因遭受压力被迫取消。章立凡写道：“百年清华园，不再有梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任，不再有梅贻琦，不再有黄万里，不再有“独立之精神，自由之思想”，只剩下标准件制造和“工程师治国”。特此致哀。”
黄万里和张光斗，两个早年从美国留学归来的学子，一个博士，一个双硕士；一个右派分子，一个优秀党员；一个永持批判态度，一个常写思想汇报；一个挺着胸脯说话，一个夹着尾巴做人；一个布衣教师，一个两院院士。虽然两人同在清华大学水利系同事几十年，却代表了两个截然不同的清华大学灵魂。
2011年4月15日在陆钦侃先生的遗体告别上有这么一副对联：
人云无法亦云三峡关乎民生子丑寅卯是非有赖我公砥中流
敢做未必敢当国事居然儿戏张钱邓李功罪无需他人付信史
张钱邓李，第一个张是张光斗。“敢做未必敢当”一语，可谓击中要害。张光斗被官方誉为是中国水利泰斗。中华人民共和国几代领导人都特别喜欢治水，都把张光斗作为其水利政策的顾问。表面上是党的领导人对张光斗言听计从，实际上是政治家把他们想干的事，通过张光斗的嘴说出来，传播出去。张光斗所缺乏的正是独立自由的探索精神。张光斗一生参与或主持设计的有黄河三门峡大坝工程，密云水库大坝工程和长江三峡大坝工程等。但是在百年校庆的《清华大学隆重庆祝张光斗先生奉献祖国水利水电事业七十周年》消息报道中，只提密云水库工程，却不提黄河三门峡工程，也不提长江三峡大坝工程。黄河三门峡工程的失败是不争的事实，尽管张光斗说，当年他和钱正英都是反对黄河三门峡工程，但是现存资料不能证明这个说法。那么为什么不提长江三峡大坝工程？难道三峡工程也是张光斗的走麦城？
建设三峡工程的最主要目的是防洪，依靠的是水库的防洪库容。官方公布的三峡水库防洪库容是221亿立方，这是夸大的防洪库容，是技算错误的结果。这个错误张光斗早已知道。他写信告诉中央领导：“或许你知道三峡大坝的防洪能力比我们对外宣称的要低，清华大学曾做过一份调查研究，政协副主席钱正英看过后曾以此质疑长江资源委员会，该委员会承认清华大学的这份报告没错。但是，我们只能以降低蓄洪量到一百三十五公尺来解决这个问题，即使这会影响长江江面的正常航行。但记住，我们永远、绝不能让大众知道这点。”
最后，政治家拒绝张光斗降低水位的建议，张也不敢据理力争。张光斗的这种行为符合“精忠报党”的灵魂，但是于国于民于清华大学有百害而无一利。
三峡工程可行性论证环境组的结论是，三峡工程对生态环境的影响是弊大于利。但是到审批时结论被改为利大于弊，对此张光斗一言不发。当世界最大的水电工程截流之后，张光斗又给中央领导写信，表示他对三峡库区水污染问题十分担忧，建议投资三千亿元处理水污染问题。三峡库区水污染问题的最根本原因是建坝之后流速变缓，河流自净能力减弱。三峡工程总造价两千亿元，处理工程带来的水污染问题投资三千亿元，弊大利小，一清二楚。张光斗的这种“爱国奉献、追求卓越”精神，于国于民于清华大学有百害而无一利。
黄万里则是在没有一分科研经费的条件下，完成对三峡工程工程的多项研究。他多次上书中共中央总书记，明确指出，以中国的自然地理和（砾石泥沙运行的）自然规律，根本不许可一个尊重科学民主的政府建造三峡筑高坝这样祸国殃民的工程。他预警了蓄水后卵石淤塞重庆、四川水患、浩大的工程开销和必将酿成祸患的移民安置。就在他生命的最后一刻，在清华大学医院的普通病房中，他仍然关心的是长江防洪，指出要加固长江堤防。
目前中国流传一个说法，黄万里在黄河三门峡工程上的观点是正确的，但是在长江三峡工程上的观点却是错误的，理由是三峡水库淤积问题并不如黄万里预测的那么严重。
其实，三峡工程至今尚未找到解决砾卵石和泥沙淤积的办法，所谓的“排浑蓄清”措施已经被水库运行的实践证明是不可行的。采用“排浑蓄清”，三峡水库在枯水期不可能蓄水至海拔175米。目前采取的补救办法就是在三峡水库上游建造大量的水库大坝，阻拦进入三峡水库的砾卵石和泥沙。这不是解决了砾卵石和泥沙淤积问题，而是把问题向后推移，推给子孙后代。
自2003年三峡水库135米蓄水以来至2010年9月，金沙江和嘉陵江进入三峡水库的泥沙约为15.7亿吨，加上三峡库区入库泥沙约7.2亿吨（绝对不能忽略不计），共计23.2亿吨，出库泥沙约为4.1亿吨，水库淤积泥沙约19.1亿吨，水库排沙为17.7%。累积淤积泥沙量已经超过黄河三门峡水库！2010年重庆港因淤积已经出现碍航现象。
目前，重庆港现在已经开始下移到重庆寸滩，未来将下移到万州。当年黄万里先生预测的重庆港被淤，虽然由于上游建库拦截砾石泥沙而有所推迟，但是却是不可更改的发展事实。因此，关于张光斗的报道中，不提他主持长江三峡大坝工程初步设计，也算是有先见之明。
什么是清华大学的灵魂？这个问题关系到清华大学的未来发展。如果清华大学把目标定在2020年达到世界一流大学水平，并在2050年跻身世界一流大学前列，那么非提倡马寅初，梁思成和黄万里所代表的独立自由的探索精神不可；如果清华大学满足于为中国提供了最多的领导人和院士这样的成绩，那么大力宣传张光斗的“爱国奉献、追求卓越”，正是最容易的途径。